药物治疗的特点是效果相对较快，疗效相对确定，适合中重度抑郁症患者。抗抑郁药是治疗各种抑郁症的主要药物，能有效缓解抑郁情绪及伴随的焦虑、紧张和身体症状，效率约为60％~80％。

目前一线抗抑郁剂包括SSRI帕罗西汀、舍曲林、氟西汀、西酞普兰、氟伏沙明等类药物，俗称“五朵金花”，SSRI不良反应少而轻微，尤其是抗胆碱能和心脏。常见的不良反应包括恶心、呕吐、厌食、便秘、腹泻、口干、震颤、失眠、焦虑和性功能障碍。SNRI文拉法辛、度洛西汀等类药物，SNRI疗效肯定，效果快，抗抑郁、抗焦虑效果明显。对难治性病例也有效。常见的不良反应包括恶心、口干、出汗、疲劳、焦虑、震颤、阳痿和射精障碍，部分患者在大剂量时血压可能略有升高；NaSSAs类（NE和特异性5-HT能抗抑郁药），如米氮平，有良好的抗抑郁、抗焦虑及改善睡眠作用，口服吸收快，起效快，抗胆碱能作用小，有镇静作用，对性功能几乎没有影响，常见不良反应为镇静、倦睡、头晕、疲乏、食欲和体重增加；安非他酮，去甲肾上腺素、 5-羟色胺和多巴胺再摄入的弱抑制剂对单胺氧化酶无抑制作用，适用于抑郁和双相抑郁，对体重和性功能影响较小。常见的不良反应有：兴奋、口干、失眠、头痛或偏头痛、恶心、呕吐、便秘、震颤、出汗。

       对于一些有明显焦虑和睡眠障碍的患者，一些苯二氮卓（稳定）药物或一些新的睡眠药物，如唑吡坦和佐匹克隆。对于一些严重症状甚至精神症状的患者，抗精神病药物可以合并。